Dzsámiból lett templom ez is. A 18. században egy török imaház köveiből pálos szerzetesek építették, egy rendtársuk, Vépi Máté tervei szerint.
Itt végezte tanulmányait Virág Benedek, a felvilágosodás kiváló költője.
Miután a pálos rendet 1786-ban feloszlatták, üresen maradt. Szepesy Ignác püspök lyceummá alakította, a templomot pedig az ifjúság istentiszteleti céljaira bocsátotta.
1923-ban, amikor a pozsonyi Erzsébet Egyetemet Pécsre helyezték, egyetemi templomnak nevezték ki. Újrafestették a belső teret, ezek az alkotások a pécsi Gebauer Ernő munkái.
2012-ben a pálosok visszakapták a templom épületét a Pécsi Egyházmegyétől.