Sokat szenvedett a rend a török uralom alatt. A legnagyobb üldöztetéseket a török uralom elején és végén élték meg. Az oszmán hódoltság idején a templomot lerombolták, egy részét Memi pasa dzsámijává alakították, a korábbi szentély mögött, a mostani főbejárat előtt pedig felépítették Memi pasa fürdőjét.
Miután a megszálló törökök elhagyták a várost, 1687-ben a magára hagyott épületeket és területet ismét a ferences szerzetesek kapták meg, akik kezdetben a dzsámiban mutattak be szentmisét.
1715-ben kezdték meg a mai templom építését. A jelenleg is álló, XVIII. századi pécsi ferences templom felmenő falaiban őrzi a török idők előtti ferences kolostor templomának maradványait. A Memi pasa fürdő 1977. évi feltárása kapcsán kapott építészeti kialakítást a középkori romterület, és ekkor lettek kis magasságban felfalazva az 1301-ben épült templom késő gótikus szentélyének maradványai is.
Közkedvelt látványosság advent idején az életnagyságú, fából faragott szobrokból összeállított betlehem, amely méreteit tekintve egyedülálló az országban.
A templomról részletes leírást, valamint a belső teréről videót az alábbi oldalon talál: https://pecsferencestemplom.hu/ferences-templom-tortenete/