A székesegyházzal szemközt, a tér déli oldalán áll a Miasszonyunk Női Kanonokrend zárdatemploma. 1852 és 1855 között építették Feigler Ignác pozsonyi építész tervei alapján, Scitovszky János püspök javaslatára (az ő címere a templom oromzatán, a három félköríves ablak felett látható is).
Scitovszky a zárdatemplomot az 1847-től Pécsre telepített Miasszonyunk-rend apácái számára emeltette, a rend azonban rendházat csak később, 1851-ben kapott, ebben az évben viszont már elkezdték a zárda és a hozzá tartozó polgári iskola – a mai Leőwey Klára Gimnázium – építését is a barokk templom két oldalán.
Több okból kifolyólag is különleges ez a templom: csupán a homlokzata érvényesül, hiszen mindkét oldalról és hátulról is épületek veszik körbe, továbbá a Szent István tér déli oldalán álló templom bejáratának tengelye pontosan a székesegyház oldalbejáratával szemben van, így a bazilikából kilépők egyből a zárdatemplomot látják meg, a két templom így keretezi a teret, ez pedig fokozza a turisták és a hívők szakrális térélményét.
Az itt található, 1740-es évekből származó rokokó gyóntatószék és az imatermében lévő kóruspadok a székesegyház építésekor kerültek ide.
A pécsi templomot a püspökségtől 2013-ban kapta meg a Ciszterci Rend.