Pécsett az evangélikus kereszténység már az 1540-es években elterjedt, iskolája is volt feltehetően az egyháznak. Az 1690-es években viszont a várost az összes nem római katolikus hívőnek el kellett hagynia. A tilalmat csak II. József magyar király türelmi rendelete enyhítette, de 1848-ig kevés nem katolikus hívő lakott a városban. Az újkori Pécs történetében az első evangélikus Nendtvich Tamás gyógyszerész volt, aki kancelláriai engedéllyel telepedhetett le. 1848-ban a városban 149 evangélikus élt, ami a város lakosságának 0,93%-a.
Az Osztrák–Magyar Monarchia idején viszont jelentősen növekedett a hívek száma a városban: 1869-ben 340 fő, 1890-ben 809 fő, 1910-ben 1173 fő volt. Ennek a növekedésnek köszönhetően már 1868-ban anyaegyházzá alakult a pécsi gyülekezet. A gyülekezetnek ugyanakkor nem volt temploma, ezért 1869. szeptember 10-én a Kert utcában (ma Dischka Győző utca) Gruber Edénétől (született Sey Franciska) 6500 forintért telket vásárolt. 1872. szeptember 20-án Nádosy István kérte föl Baldauf Jánost a templom tervének elkészítésére, bár a pályázok közül az ő árajánlata volt a legdrágább, ugyanis az ár magában foglalta a kivitelezést is.
A neoreneszánsz templomot 1875 áprilisában vette birtokába a gyülekezet, a berendezések elkészítését pedig néhány hónappal később, szeptemberre fejezték be. A torony nélküli, egyterű épület bejárata felett három ívelt ablak van, amelyeket timpanonnal zárt középrizalitjában pilaszterekkel választottak el. A templom 6 regiszteres egypedálos orgonáját a pécsi orgonakészítő Angster József építette. Egyes források szerint a 3., míg más források szerint a 15. vagy a 16. munkája volt e hangszer. A keresztelő kő fehér-vörös erezetű és fekete márványból készült. Krisztus az Olajfák hegyén című oltárképet Madarász Viktor festette 1880-ban.
1907-ben Rueprecht János két harangot adományozott a gyülekezetnek, a harmadik harangot közadakozásból vették meg. A templombelsőt 1925-ben Nikelszky Géza tervei alapján megújították, de évekkel később eltávolították. A templomban kapott helyet Nendtvich Tamás síremléke is.